Le Conseil d'Etat a précisé dans un arrêt du 6 octobre 2017 n°407297 les modalités d'affiliation des agentes publics de Mayotte au régime spécial des retraites.
Il résulte notamment de cet arrêt (résumé source Légifrance) :
1) Il résulte des dispositions des II, III, et VII de l'article 64-1 de la loi n°2001-616 du 11 juillet 2001 modifiée relative à Mayotte et de l'article 2 du décret n° 2012-1256 du 13 novembre 2012 pris en application de ces dispositions, que les agents titulaires et contractuels dans une collectivité territoriale ou dans un établissement public administratif de Mayotte, qui ont été intégrés ou titularisés dans une des trois fonctions publiques, sont affiliés, le jour de leur intégration ou de leur titularisation, au régime spécial de retraite correspondant au corps ou cadre d'emplois d'intégration ou de titularisation.
2) Les services que ces agents ont effectués antérieurement à cette affiliation ne sont pris en compte dans la liquidation de la pension unique que s'ils ont donné lieu à une affiliation à la caisse de retraite des fonctionnaires et des agents des collectivités publiques de Mayotte. Dans ce cas, ils sont pris en compte selon les règles applicables à ce régime au 1er janvier 2006 en retenant les derniers émoluments soumis à retenue pour pension perçus par l'intéressé depuis six mois au moins avant l'affiliation au régime spécial de retraite. Dans le cas inverse, ces services ne doivent être pris en compte, le cas échéant, que pour la liquidation d'autres pensions auprès des régimes auxquels l'intéressé était effectivement affilié.
3) Il résulte des dispositions du VII de l'article 64-1 de la loi du 11 juillet 2001 que la pension unique se compose de deux parts, dont l'une rémunère les services effectués antérieurement à l'affiliation au régime spécial de retraite correspondant au corps ou cadre d'emplois d'intégration ou de titularisation. Pour les agents intégrés dans la fonction publique d'Etat, la pension unique comprend ainsi une part qui ne relève pas du code des pensions civiles et militaires de retraite, ce qui fait obstacle à ce qu'ils puissent être regardés comme relevant du code des pensions civiles et militaires de retraite au sens de l'article 137 de la loi de finances rectificative du 30 décembre 2008. Par suite, erreur de droit à avoir jugé que le titulaire d'une pension unique pouvait, dès lors qu'une partie de cette pension relève du code des pensions civiles et militaires de retraite, prétendre au bénéfice de l'indemnité temporaire de retraite.
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